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随着渝州城的疫病彻底平息，林羽萱的名声达到了前所未有的高度。知府为她在城中树立了功德碑，百姓们更是将她视为神明，每日前来医馆感恩的人络绎不绝。林羽萱依旧保持着谦逊，将精力重新投入到日常的诊疗和对医术的钻研中。
翌日清晨，医馆还未正式接诊，一个身着素衣的年轻女子匆匆走进来。她神色憔悴，眼中满是焦急与哀愁。见到林羽萱，女子“扑通”一声跪下：“林神医，求您救救我弟弟，他……他快不行了。”
林羽萱赶忙扶起女子，轻声安慰道：“姑娘莫急，慢慢说，你弟弟在哪里，得了什么病？”
女子名叫柳儿，她抽泣着讲述，弟弟柳生几日前突然昏迷不醒，全身冰冷，寻遍城中大夫都束手无策，只说这是怪病，无药可医。林羽萱不敢耽搁，立刻收拾药箱，随柳儿前往她家。
柳家位于渝州城的偏僻小巷，房屋简陋。林羽萱走进昏暗的房间，看到躺在床上的柳生。他面色苍白如纸，呼吸微弱，脉搏若有若无。林羽萱仔细诊脉，又查看了柳生的舌苔、眼睛等，却发现脉象紊乱，毫无规律可循，她心中不禁疑惑丛生，这确实是一种极为罕见的病症。
回到医馆后，林羽萱一头扎进医书堆里，试图从古籍中找到类似病症的记载。苏然和小翠也在一旁帮忙，三人忙碌了一整天，却一无所获。天色渐暗，林羽萱揉了揉酸涩的眼睛，决定先休息一晚，明日再继续寻找线索。
深夜，万籁俱寂，林羽萱却突然被一阵细微的响动惊醒。她警惕地坐起身，借着月光，看到一个黑影正悄悄潜入医馆的药房。林羽萱轻手轻脚地跟了过去，在药房门口，她看到黑影正疯狂地翻找着什么。
“谁？”林羽萱厉声喝道。
黑影被这一喝吓得浑身一颤，转身就想逃跑。林羽萱眼疾手快，一个箭步冲上去，抓住了黑影的手臂。借着微弱的光线，她看清了黑影的面容，竟是一个面容狰狞的陌生男子。
“你是什么人？为何深夜潜入医馆？”林羽萱怒问道。
男子恶狠狠地说：“小丫头，识相的就放开我，不然有你好看！”
林羽萱毫不畏惧，加大了手上的力气：“不说清楚，你今日别想走！”
就在两人僵持不下时，苏然和小翠听到动静赶来。三人合力将男子制服，带到了大堂。经过一番审问，男子终于交代，他是受一个神秘人的指使，来偷取林羽萱为柳生开的药方。
林羽萱心中一惊，这柳生的病看来并不简单，背后似乎隐藏着更大的阴谋。她决定顺着这条线索查下去，找出幕后黑手。
第二天，林羽萱让苏然暗中跟踪男子，看看他会与什么人接头。苏然领命而去，经过一整天的跟踪，终于发现男子在一处废弃的宅院里与一个黑袍人见面。
苏然悄悄靠近，躲在墙角偷听他们的对话。只听黑袍人怒骂男子办事不力，随后又低声交代了一些事情。苏然听不太清楚，但他隐隐听到黑袍人提到“疫病”和“朝廷”等字眼。
苏然回到医馆，将听到的内容告诉林羽萱。林羽萱陷入沉思，疫病己经平息，为何还会与疫病有关？而且此事竟然牵扯到朝廷，这背后到底隐藏着什么秘密？
为了弄清楚真相，林羽萱决定亲自去会会那个黑袍人。她乔装打扮成一个男子，来到废弃宅院。此时，天色己晚，宅院里弥漫着一股阴森的气息。
林羽萱小心翼翼地走进宅院，听到里面传来说话声。她悄悄靠近，躲在窗下偷听。
“那个林羽萱太碍事了，必须想办法除掉她。”一个沙哑的声音说道。
“大人放心，我己经安排好了，过几日就会有一场意外发生，到时候她就再也不能坏我们的事了。”另一个声音回应道。
林羽萱心中一惊，看来对方己经察觉到她在调查，并且准备对她下手了。她决定先离开，再从长计议。
回到医馆后，林羽萱加强了防备。同时，她开始调查与朝廷和疫病有关的线索。她通过知府的关系，查阅了许多官方文件，终于发现了一些蛛丝马迹。
原来，在疫病爆发前，朝廷曾秘密派人来到渝州城，进行一些神秘的活动。而这些活动似乎与一种新型的毒药研制有关，这种毒药的效果与疫病极为相似。林羽萱怀疑，这场疫病很可能是有人故意制造的，目的是为了试验毒药，或者是为了达到某种不可告人的政治目的。
林羽萱将自己的发现告诉知府，知府也大为震惊。他决定配合林羽萱，一起调查此事。在知府的帮助下，林羽萱找到了几个曾经参与朝廷秘密活动的人，经过一番审问，终于得知了事情的真相。
原来，朝中一位权臣为了巩固自己的势力，与江湖上的邪恶势力勾结，研制出了这种毒药。他们在渝州城进行试验，导致了疫病的爆发。而柳生的病，也是他们为了掩盖真相，故意制造的假象，目的是引开林羽萱的注意力。
林羽萱得知真相后，决定揭露这个阴谋。她与知府一起，收集了大量的证据，准备向朝廷上书。然而，就在他们准备行动时，医馆突然遭到一群神秘人的袭击。
这群神秘人武功高强，手段狠辣。林羽萱、苏然和小翠奋力抵抗，但渐渐不敌。关键时刻，知府带领官兵赶到，将神秘人击退。
经过这次袭击，林羽萱知道，时间紧迫，他们必须尽快将证据送到朝廷。知府决定亲自护送林羽萱前往京城，一路上，他们小心翼翼，避开了敌人的多次追杀。
终于，他们到达了京城。林羽萱将证据呈递给皇帝，皇帝大怒，下令彻查此事。在皇帝的干预下，权臣和邪恶势力被一网打尽，渝州城的真相终于大白于天下。
林羽萱完成使命后，本想回到渝州城继续行医，但皇帝却下旨，封她为太医院院判，留在京城为皇室和百姓服务。林羽萱无奈，只好接受了任命。
在太医院里，林羽萱继续发挥她的医术，救治了许多疑难病症患者。她还将自己在民间行医的经验传授给其他太医，推动了宫廷医学的发展。
然而，林羽萱心中始终牵挂着民间的百姓。她时常向皇帝进谏，希望能改善民间的医疗条件。在她的努力下，皇帝下令在全国各地建立了许多免费的医馆，为穷苦百姓提供医疗服务。
林羽萱在京城的日子里，一边忙于太医院的事务，一边寻找机会回到民间。她知道，自己的根在民间，那里有更多需要她帮助的人。而在这看似平静的宫廷生活背后，新的挑战和危机也在悄然酝酿，等待着林羽萱去面对和化解 。
