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在阿雷等人完成了香薰道馆对战和三冠卫星赛后众人告别米茹菲和翔太，以百刻市为目标前进着。
在路上众人离开了香薰市后来到一处村庄，阿雷等人在神奇宝贝中心休息，阿雷：“走了一天了，好累啊”。希特隆看到眼前的场景后：“阿雷，你快看呐，那是神奇宝贝化石”。阿雷，莎莉娜还有柚丽嘉一起看到庞大的神奇宝贝化石，希特隆解释道：“这些可都是远古时期的神奇宝贝哦”。
柚丽嘉眼睛亮晶晶的，好奇地问道：“希特隆，这些远古神奇宝贝和现在的有什么不一样呀？”希特隆推了推眼镜，开始绘声绘色地讲述起来：“远古神奇宝贝在外形和能力上都可能和现在的有很大区别，它们适应着当时的环境，拥有独特的生存技能。比如说，有的远古神奇宝贝可能体型更加巨大，力量也更强。”
就在这时，村庄里的一位老者走了过来，他笑着说：“孩子们，我知道附近有个神秘的地方，那里或许藏着更多关于古代神奇宝贝的秘密。”众人一听，顿时来了兴致，纷纷表示要去一探究竟。于是，在老者的指引下，他们朝着那个神秘之地出发了。一路上，大家都在猜测着会在那里发现什么。阿雷握紧了拳头，期待地说：“说不定能遇到活的古代神奇宝贝呢！”莎莉娜也兴奋地说：“要是能收服一只，那就太棒啦！”带着满满的期待，他们渐渐接近了那个神秘的地方。
当他们终于抵达，发现那是一处幽深的石窟。刚一进去，一股神秘而古老的气息扑面而来。老者在前面带路，脸上的笑容却渐渐变得有些诡异。突然，石窟的石门“轰隆”一声关上了，把阿雷等人困在了里面。阿雷大惊，连忙上前去推石门，可石门纹丝不动。“不好，我们中计了！”阿雷喊道。这时，石窟中发出一阵低沉的吼声，一只巨大的远古神奇宝贝缓缓从黑暗中走出，它身上散发着强大而古老的能量。老者站在一旁，阴恻恻地说：“你们就乖乖成为这远古神奇宝贝的养分吧，只有这样它才能复苏，让这片土地恢复生机。”阿雷等人愤怒又惊恐，他们召唤出自己的神奇宝贝，准备与这未知的危险展开一场艰难的战斗，同时也在思索着如何逃离这个可怕的困境。
莎莉娜：“刚刚那位老者或许跟我们上次遇到的那个红色衣服的一群人有关”。阿雷：“可恶，喷火龙使用喷射火焰，烈咬陆鲨使用龙波动，闪电鸟使用十万伏特，沙奈朵使用月亮攻击，大剑鬼使用水炮，攻击石门”。
突然背后一只巨大的远古巨蜓扑面而来，众人害怕的跑到石窟深处，又看到了很多远古神奇宝贝的化石，这时远古巨蜓发到破坏死光，众人被陷入石窟下方。
阿雷等人摔落在地，还好有神奇宝贝们保护，只是受了些轻伤。他们环顾西周，发现这里是一个巨大的地下空间，西周的石壁上闪烁着奇异的光芒。那些未合成的远古神奇宝贝化石就散落在各处，散发着神秘的气息。就在他们观察时，那些化石竟开始微微颤动，一道道光芒从化石中射出，将整个空间照得亮如白昼。一只接一只的远古神奇宝贝从化石中缓缓浮现，它们的身上散发着强大而古老的能量，眼神中透露出警惕和威严。阿雷等人紧张地握紧了手中的精灵球，准备随时召唤神奇宝贝战斗。然而，这些远古神奇宝贝并没有立刻发动攻击，它们只是静静地看着阿雷等人。就在这时，一只体型巨大的远古巨蜓从空中缓缓落下，它的眼神中透露出智慧和友善。它对着阿雷等人发出了一阵轻柔的鸣叫，仿佛在和他们交流。阿雷等人惊讶地发现，他们竟然能听懂这只远古巨蜓的意思。原来，这些远古神奇宝贝被困在这里己久，它们希望阿雷等人能帮助它们找到离开这里的方法。阿雷等人对视一眼，决定帮助这些远古神奇宝贝。
莎莉娜拿出神奇宝贝图鉴翻译：“闪焰队的人我们一个都不会放过”！
阿雷：“我们不是闪焰队的人，我是阿雷是个普通的训练家”。莎莉娜：“我是莎莉娜”。希特隆：“我叫希特隆，这是我妹妹柚丽嘉”。阿雷：“我们可以带你们出去”。
希特隆转身看向还未完成合体的神奇宝贝化石，希特隆：“你们是为了保护它才对我们出手的吧”！远古巨蜓点头表示没错，接着希特隆有办法将其变回原来的样子，希特隆开启自己的发明，接着在一束光芒下化石开始合体，阿雷：“这是化石翼龙”！
化石翼龙醒来后看到阿雷等人，突然爆发出力量将石窟打出一个洞，接着阿雷等人出去后，发现果然是闪焰队干的好事，接着众人召唤出自己的神奇宝贝将其打跑。
阿雷看向化石翼龙：“化石翼龙，我想收服你，请你和我对战吧”！化石翼龙点头表示好，接着喷火龙使用喷射火焰，化石翼龙使用尖石攻击，然后喷火龙飞向空中使用龙爪给予化石翼龙伤害，最后阿雷拿出神奇宝贝球一发命中，在神奇宝贝球摇晃三下后成功收服到了化石翼龙，阿雷：“很好我收服到化石翼龙了”。
